1950 yılında dünyaya geldi. Gazeteci yazar Çetin Altan'ın iki oğlundan biriydi. İstanbul Üniversitesi İktisat profesörü ve yazar Mehmet Altan'ın ağabeyidir.
Bir süre Robert Kolej'e devam ettikten sonra Ankara Koleji'nde eğitimini sürdüren Altan, Orta Doğu Teknik Üniversitesi'ni kazandı.
Ancak çeşitli nedenlerden dolayı ayrılmak zorunda kaldığı ODTÜ'den sonra İstanbul Üniversitesi İktisat Fakültesi'nden mezun oldu. Altan'ın Nokta dergisinde başladığı köşe yazarlığı serüveni Hürriyet ve Güneş gazeteleri için yazdığı günlük yazılarla devam etti.
Hürriyet, Güneş, Milliyet ve Yeni Yüzyıl gazetelerinde uzun yıllar köşe yazarlığı yaptı. Milliyet'te çalıştığı dönemde, gazetede Kürtlerin çoğunluğu oluşturduğu kurgusal bir "Kürdiye" ülkesinden bahseden yazısı nedeniyle işinden çıkarıldı.
Taraf gazetesinin kurucusudur. 2007 yılında yayın hayatına başlayan Taraf gazetesinin Alev Er ile birlikte genel yayın yönetmenliğini üstlenmiş, daha sonra Alev Er'in ayrılmasıyla genel yayın yönetmenliği görevini tek başına yürütmeye devam etmiştir.
Ayrıca aynı gazetenin Kum Saati adlı köşesinde, köşe yazarı olarak yazılar yazmıştır. Eylül 2008'de Ermeni Kırımı'nın kurbanlarına adadığı bir köşe yazısı nedeniyle Türklüğe hakaretle suçlandı.
Genel Yayın Yönetmenliğini üstlendiği Taraf gazetesi 2009 yılında Leipzig Bankası Medya Vakfı tarafından verilen dünyanın prestijli basın ödüllerinden biri olan “Özgürlük ve Medyanın Geleceği" Ödülü'ne layık görülmüştür.
Ahmet Altan ayrıca 2011 yılında üçüncüsü düzenlenen ve Ulusulararası Hrant Dink vakfı tarafından özgür ve adil bir dünya için çalışan, ilham ve umut ışığı kişilere layık görülen "Hrant Dink Barış Ödülü"nün de sahibidir.
Aralık 2012'de, Yasemin Çongar ile birlikte Taraf gazetesindeki görevinden istifa etmiştir.
Bunun yanında, doksanlı yılların ortalarında Neşe Düzel ile birlikte Star TV'de Kırmızı Koltuk isimli tartışma programını hazırlamış ve sunmuştur.
