1478 yılı civarlarında Midilli'de doğdu.
Aslen Vardar yenicesinden olan babası Yakup Ağa, bir Osmanlı sipahisiydi ve 1461 yılında Midilli'nin fethi sırasında Fatih Sultan Mehmed ile birlikteydi.
Batılılar havuç rengine çalan kırmızı sakalından dolayı, ağabeyi Oruç'a verdikleri "Barbarossa" adını daha sonra Hızır içinde kullandıklarından Barbaros diye tanınmış, Hayreddin lakabını ise kendisine Yavuz Sultan Selim takmıştır.
Barbaros Hayreddin Paşa, kardeşleri İlyas ve Oruç ile beraber birçok deniz savaşında bulundu. Diğer kardeşi İshak ise Midilli'de kaldı. Barbaros Hayreddin Paşa, Cezayir seferine Oruç Reis ile birlikte çıktı.
Cezayir'in fethedilmesinden sonra Oruç Reis, Cezayir'e Bey oldu. Barbaros Hayreedin Paşa, İshak ve Oruç Reis'ler şehit olunca Cezayir Beyliği'ne atandı. Beylerbeyi ünvanını alan Barbaros Hayreddin Paşa, İstanbul'a gelip 1534 yılında Kaptan-ı Derya oldu.
Bir çok zafer kazanan Barbaros, Avrupa'da nam saldı. Avrupalılar çocuklarını Barbaros geliyor diye korkutur hale geldiler. 5 Temmuz 1546 tarihinde vefat eden Barbaros Hayreddin Paşa, sağlığında Beşiktaş'ta yaptırdığı medresenin yanındaki türbesine defnedildi. Onun ölümü için "Mate reisü'l-bahr-Denizin reisi öldü" denildi. Barbaros Hayreddin Paşa zamanında Osmanlı denizciliği gücünün zirvesine ulaşmış, onun mektebinde yetişen değerli denizciler ve teşkilatlı tersane sayesinde bu güç varlığını bir süre daha devam ettirmiştir.
Barbaros Hayreddin Paşa, alim ve cesur bir komutandı. İri yapılı ve kumral tenliydi. Saçı, sakalı, kaşları ve kirpikleri çok gürdü.
Ömrü denizlerde geçtiğinden Rumca, Arapça, İspanyolca, İtalyanca ve Fransızca gibi Akdeniz dillerini çok iyi bilirdi. Çinili Hamam kendisine aittir. Oğulları Mehmed Paşa, Hasan Paşa ve Vali Paşa'dır.