12 Aralık 1928'de Kırgızistan'ın Talas Eyaleti 'ne bağlı Şeker Köyü'nde doğdu. Bişkek'de Veteriner Fakültesi'nden mezun oldu.
Yazarlığa 1952' de başlayan Aytmatov, 1959'da Kırgız Pravdası gazetesinde muhabir oldu.
Daha sonra Povesti Gori Stepey (Dağlar ve Steplerden Masallar) adlı öykü kitabıyla büyük ün kazandı. Bu eseri, 1963'te Lenin Ödülü'ne lâyık görüldü ve bu ödül onu aynı zamanda en genç Lenin Ödüllü yazar da yaptı.
Eserlerini, Kırgızca ve Rusça olarak kaleme alan Aytmatov, eserlerinin çoğunda tema olarak aşk, dostluk, savaş döneminin acıları ve kahramanlıkları ile Kırgız gençliğinin gelenek ve göreneklerine bağlılığını seçti.
Aytmatov, milletinin tarih boyunca kazandığı sosyal, kültürel, ahlaki, edebi, askeri yani bütün maddi ve manevi zenginliğini eserlerine yansıtmış, yaşadığı coğrafyanın insanının tarih içinde kazandığı değerleri, acılarını, kahramanlıklarını, tecrübelerini yazıya döküp ölümsüzleştirmiş, halkının içinde düştüğü zor durumları eserlerinde en güzel şekilde anlatmış, onların çözümlerine dair ipuçları göstermiş, eserlerinde kendi ifadesi ile ‘tipik insan'ı ortaya koymaya çalışmış bir yazardır.
Hikayelerinde milletinin temel mülkü olan milli hafızaya ait efsane, destan, masal, hikaye ve türküleri ve bunların meydana geldiği şartları, ardındaki hikayeleri, insanları kullanırken, Kırgız Türk kültürünü, psikolojisiyle, duyuş ve anlayış tarzıyla, maddi manevi zenginliğiyle o kültürü bina edenlerin evlatlarına yeniden hatırlatmaya çalıştı.
Ayrıca hikayelerinde halkının değerlerini, dertlerini, varsa onun içindeki çürümeyi anlatan yazarın en önemli özelliği, özüne bağlılık, kendinden, halkından, coğrafyasından haberdar olma olarak kendini gösteriyor.
Eserleri Türkçe'nin yanı sıra 150'den fazla dile tercüme edilerek milyonlarca baskıya ulaşan Aytmatov, 1958'de Kırgız Yazarlar Birliği Prezidyumu üyeliğine, 1962'de de Kırgız Sinematografi İşçileri Birliği birinci sekreterliğine getirildi.
1966'da SSCB Yüksek Sovyet'i üyeliğine seçildikten sonra da 1967'de SSCB Yazarlar Birliği Yürütme Kurulu üyesi olan ünlü yazar, 1968'de Sovyet Devlet Edebiyat Ödülü'nü aldı.
Son yıllarda politikaya da atılan Aytmatov, Kırgızistan Meclisi'nde Talas Bölgesi Milletvekilliğinin yanı sıra Kırgızistan 'ın Benelux Devletleri büyükelçiliğini de yapmaktadır.
Uluslararası Cengiz Aytmatov Vakfı Onur Başkanlığı'nın yanı sıra “Diyalog Avrasya” dergisinin yayın kurulu üyeliğini de yapan Aytmatov, uluslararası diyalog çalışmalarıyla da tanınmaktadır.
Ünlü Kırgız Yazar Cengiz Aytmatov, böbrek yetmezliği sonucu tedavi gördüğü Almanya'nın Nünberg kentindeki hastanede 10 Haziran 2008 günü hayatını kaybetti.
Kırgızistan Devlet Başkanlığı Basın Sözcüsü Dosalı Esenaliyev, yaptığı açıklamada, Almanya'nın Nünberg kentinde tedavi gören Cengiz Aytmatov'un hayatını kaybettiğini bildirdi. Esenaliyev, yazarın ölümü ile ilgili olarak Devlet Başkanı Kurmanbek Bakiyev'in bilgilendirildiğini söyledi.
Solunum cihazına bağlı olarak yoğun bakımda tutulan yazarın sağlık durumunun 10 Haziran 2008 günü kritik durumuna geldiği ifade edilmişti.
Aytmatov, bir Rus televizyon kanalının belgesel çekimleri için gittiği Tataristan'ın başkenti Kazan'da 16 Mayıs'ta ani böbrek rahatsızlığı geçirmesi üzerine hastaneye kaldırılmıştı. 79 yaşındaki yazar, 18 Mayıs'ta ambulans uçakla Almanya'ya nakledilmişti.
Kırgızistan'da 2008 yılı, Cengiz Aytmatov yılı ilan edilmişti.
