Tıp fakültesinden 1922 yılında mezun olduktan sonra, Emraz-i Akliye uzmanı oldu. Uzun süre öğretim üyesi olarak görev yaptı.
24 Ekim 1949 - 26 Kasım 1957 tarihleri arasında sekiz yıl İstanbul Valiliği ve Belediye Reisliği yaptıktan sonra, İsviçre (Bern) Büyükelçiliği'ne atandı. 1.(XII) Dönem İstanbul Milletvekilliği, Sağlık ve Sosyal Yardım Bakanlığı, İmar ve İskan Bakanlığı görevlerinde bulundu. Basılmış birçok eseri mevcuttur.
Prof. Fahrettin Kerim Gökay, İstanbullulara tanzim satışlarını sunmuştur. Migros, Gökay zamanında açılmıştır. Zeytinburnu ve Kazlıçeşme, onun zamanında şehirleşmiştir.
Dolayısıyla Gökay, Zeytinburnu ve Kazlıçeşme'nin babası olarak bilinmektedir. Ayrıca elliye yakın okul yaptırmıştır.Ayrıca Üsküdar'da ve Kadıköy'de adını taşıyan önemli iki cadde bulunmaktadır. "Halk plajlara akın etti, vatandaş denize giremiyor." diyerek dönemin elitlerinin Türk toplumuna bakışını gösteren kült cümlelerden birini bizlere armağan etmiştir.
6-7 Eylül 1955 Olayları karşısında yetersiz kalması nedeniyle, o günlerde İstanbul'da bulunan ve olayların başlangıcında "Milli Gençliğin Kıyamı" tabirini kullanan İçişleri Bakanı Namık Gedik ile beraber, istifa etmek durumunda kalmıştır.
Halk tarafından çok sevilen ve kısa boyu dolayısıyla hakkında "Mini Mini Valimiz, Ne Olacak Halimiz?" tekerlemesi üretilmiştir. Önemli bir serveti olan Fahrettin Kerim Gökay'ın terekesinde 630 tapu bulunuyordu.
Tüm varlığını kendi adını taşıyan vakfa bırakmıştır.
Ayrıca İstanbul Sefaköy'de isminin verildiği Fahrettin Kerim Gökay Anadolu Lisesi bulunmaktadır.Ayrıca İstanbul Bakırköy'de Ruh ve Sinir Hastalıkları Hastahanesi Bitam'da isminin verdiği Fahrettin Kerim Gökay Pavyonu bulunmaktadır.
