Küçüklüğünde dine ve felsefeye olan ilgisi dolayısıyla liseden sonra rahip adayı olarak Cizvitlere katıldı ve teoloji eğitimi aldı.
Freiburg Üniversitesi'nde Katolik İlahiyatı ve Hristiyan felsefesi okudu.
1914 yılında "Psikolojizmde Yargı Kuramı" adlı doktora tezini yayımlayarak insana ilişkin temel araştırma alanlarında felsefeye karşı psikolojinin etkili olmasını savundu.
Bu konuda hocası ve Fenomenolojinin kurucusu olan Edmund Husserl'den etkilenerek kaygı, düşünme, merak, sıkıntı, saygı gibi durumlar üzerine yazdıklarını psikolojik değil felsefi düzeyde ele aldı. 1923 yılında Marburg'da profesör oldu.
1927 yılında da en ünlü yapıtı ve tek derli toplu kitabı olan Sein und Zeit (Varlık ve Zaman)ı yayımladı. Bu kitapta temel amacı Varlık (Sein, Being) sorunu üzerine düşünerek varlığın anlamı, varlığın nasıl olup da var olabildiği, varlığın varoluşunu nasıl ortaya çıkardığı, insanın diğer varolanlar arasında nasıl olup da kendi varlığını anlayabildiği gibi soruları ortaya atarak felsefenin tekrar varlığa yönelmesine katkıda bulunmaktı. O, bu konuları zaman, ölüm, korku, hiçlik, kaygı gibi kavramlar çerçevesinde ele alıyor.
En temel kavramı Dasein olup buna, "kendini anlayabildiği kadarıyla insan, burada bulunan insan" anlamı veriyor.
Bu kitapta Heidegger, 2000 yıllık kökeni olan Batı Felsefesini temelinden eleştiriyor ve onu metafizik olmakla, 2000 yıldır metafizik bir yöntemi kullanmakla suçluyordu. Beklendiği gibi oldu ve kitap büyük yankı yaptı. Heidegger ayrıca, teknik, sanat, şiir, tarih ve tarihsellik konuları üzerine de kafa yoruyor.
1927 yılında Varlık ve Zaman yayımlandıktan birkaç yıl sonra Heidegger'in düşüncelerinde dönüş (kehre) adı verilen bir değişme görüldü. Heidegger, 1933 yılında siyasal olayların rüzgarına kapılarak Nazi Partisi'ne girdi ve aynı yılın Nisan ayında Freiburg Üniversitesi'ne rektör oldu.*
Heidegger'in bu düşünsel dönüşümü ışığında Nazi Partisi'ne girişi daha sonra büyük tartışmalara yol açacak, yanlış yaptığını itiraf etmesine ve benimsemiş olduğu faşist eğilimi terkettiğini açıklamasına rağmen ölene kadar bunun etkisini hissedecektir.
Heidegger, 10 ay süren rektörlük görevinden Nazi aleyhtarı iki dekanın görevden alınmasını ve üniversitedeki Yahudi aleyhtarı kampanyayı protesto ederek istifa etti. Bunun ardından ders vermesi ve kitaplarının okunması bir süre yasaklandı. 1936 yılından itibaren Nietzsche üzerine dersler vermeye başladı. 1945'te de bu sefer, daha önce Nazilere yakınlık gösterdiği için Fransız işgal kuvvetlerince üniversiteden uzaklaştırıldı. 1950 yılında görevine geri dönebildi.
Heidegger, betimleyici psikoloji görüşleriyle tanınan Franz Brentano'nun etkisiyle tüm yaşamı boyunca "olmak" (to be, sein, etre) fiilinin çeşitli kullanım biçimlerinin ardında temel bir anlamın yatma olasılığı üzerinde durdu.
Düşünce ve ilgilerinin oluşumunda Eski Yunan düşünürlerinden Parmenides ve Aristoteles'in; Gnostiklerin; modern varoluşçuluğun kurucularından Danimarkalı filozof Kierkegaard'ın; insan ve tarih bilimleri üzerinde yeni bir çığır açan ve açıklamaya değil "anlama"ya dayalı antropoloji yöntemini öneren Wilhelm Dilthey'in ve tabii Edmund Husserl'in olumlu ya da olumsuz etkileri görülmüştür. Ancak O, bunların hepsinden farklılaşan bir düşünce geliştirmiştir.
Varlık ve Zaman yayımlanınca varoluşçuluk (existentialism) akım içinde değerlendirildi ise de tam anlamıyla bir varoluşçu düşünür değildir. Kendisi "varlık felsefesi" içerisinde ele alınmalıdır. Heidegger, 26 Mayıs 1976 tarihinde yine Messkirch kasabasında öldü.
