24 Şubat 1500 tarihinde Belçika'nın Gent şehrinde doğdu. Babası Habsburg Hanedanından Güzel Philippe, annesi Kastilya Kraliçesi Deli Juanna'ydı. Geleceğin imparatoru gözüyle bakıldığından ihtimamla büyütüldü. Hem Alman Habsburg, hem de Fransız ve İspanyol kanı taşıyordu ve bütün bu dilleri konuşabiliyordu.
Dedesi İmparator Max, 1516 yılında ölünce Şarlken'in babası Arşidük Güzel Philippe daha önce öldüğünden kendisine büyük miras kaldı. Aynı yıl anne tarafından dedesi olan II. Fernando'nun ölümüyle Kastilya, Aragon, Napoli ve Sicilya krallıklarının taçları şahsında birleşti.
Şarlken, 1519'da Alman imparatoru seçilince, Avrupa'daki en büyük imparatorluğun sahibi oldu. Alman imparatoru olarak (1519-1556), İspanya kralı olarak (1516-1556), Hollanda-Belçika kralı olarak (1516-1556) yılları arasında hüküm sürdü.
İmparatorluğun sınırlarına İspanya ve ona bağlı sömürgeleri ile Avusturya-Almanya topraklarının hepsi dahildi.
Kanuni Sultan Süleyman'ın 1520'de Osmanlı tahtına çıkmasından sonra Osmanlıların Avrupa'ya akınları daha da arttı. Macaristan Bohemya Kralı, 1526'da Mohaç'ta Osmanlılara yenilince, Şarlken'in kardeşi Ferdinand, geride kalan toprakların yönetimini ele geçirdi.
Şarlken 1527'de, çoğunluğu paralı Germen askerlerinden oluşan ordusu ile Roma'ya girerek kenti yağmaladı. Papa ile bir antlaşma imzaladı.
Şarlken, Bologna'ya geçti ve Şubat 1530'da Papa tarafından kutsal Roma-Germen İmparatoru olarak kutsandı. 1529'da Viyana'yı kuşatan Kanuni Sultan Süleyman, Avusturya'ya büyük kayıplar verdirdi. Şarlken'in kardeşi Ferdinand, Osmanlı akınları ile uğraşırken Alman prensleri üzerindeki otoritesini yitirdi.
Şarlken, 1532'de Viyana önlerinde Kanuni Sultan Süleyman tarafından bir meydan savaşına zorlandıysa da buna yanaşmadı. Fransa üzerine akınlar düzenledi.
Bu seferlerin sonuncusu da başarısızlıkla sonuçlanınca, İspanya ve Hollanda'yı oğlu Phillipe'e verdi. Avusturya'yı ise kardeşi Ferdinand'a bıraktı. Eylül 1556'da İspanya'ya gitti ve 1557'de Yuste Manastırı'na kapandı ve burada öldü.
Şarlken Avrupa'da kendi egemenliği altında birleşmiş, katolik bir imparatorluk kurmak istiyordu.
Bu amaçla uzun yıllar protestanlar ve Osmanlılarla savaştı. Ancak geniş bir alana yayılmış, farklı iktisadi, dinsel ve kültürel yapılara sahip krallıkları katoliklik etrafında bir araya getirmeyi başaramadı.
