1920 yılında Milli Mücadele sırasında ayaklanma çıkaran ve yağmaya girişenleri, bozguncuları, orduya ait silah ve mühimmatı çalanları, casusları, asker kaçaklarını ve Milli Mücadele'yi engelleme amacıyla propaganda yapanları yargılamak için özel kanunla kurulan mahkemelerdir.
İlk dönem İstiklal Mahkemeleri Ankara' daki hariç 1921 yılında kapatılmıştır. Ankara' daki İstiklal Mahkemesi ise 1927 yılında kapatılmıştır.
Kurtuluş savaşı yıllarında görev yapan birinci dönem İstiklal Mahkemeleri dışında daha sonraları da dönemlerine göre farklı vazifeler yürüten İstiklal Mahkemeleri kurulmuştur. Sonradan kurulan bu mahkemeler birer devrim mahkemesi niteliğindedir. Uğur Mumcu'ya göre bu kurumlar mahkeme değil, savaş ve ihtilal gibi özel durumlarda isyancı, bozguncu ve karşı devrimcilerin yargılandığı anti-demokratik "infaz kurulları"dır.
Arka Plan
Yunan ordusu karşısında asker kaçakları sebebiyle düzenli bir ordu kurulamıyordu. Karşılarında duracak bir güç olmadığından Yunan ordusu hiçbir direnişle karşılaşmadan ilerleyebiliyordu. Halife ve saltanat propagandası yapanlar halkın milli direniş kuvvetlerine katılmasını olumsuz etkiliyordu.
Cemiyet-i Müderrisin tarafından yayınlandığı izlenimi veren, Kuvayı Milliye hakkındaki olumsuz bir fetva, Yunan uçakları tarafından Anadolu'ya atılıyordu.
Asker kaçaklarından meydana gelen çeteler köy ve kazaları soyuyordu.
Büyük Millet Meclisi tarafından 29 Nisan 1920 tarihinde Hıyanet-i Vataniye Kanunu çıkarılmıştı. Bu kanun cürümleri ve vatana ihanet niteliğindeki suçları önlemeye yeterli gelmemişti. İhtilal ve savaş koşullarında sivil mahkemelerin ve harp divanlarının çalışma usulleri bir caydırıcılık unsuru taşımıyordu.
Kanunsuzlukların önüne geçilemiyor en önemlisi hem Yunan ordusunun Anadolu'daki ilerleyişi karşısında düzenli bir ordu çıkarılamıyor hem de asker kaçakları çeteler oluşturarak soygun yol kesme gibi suçlar işliyor ve iç isyanların insan kaynağı oluyordu. Asker kaçağı yakalansa bile cephede ölmek yerine hapse girmek daha çok işine geliyordu.[kaynak belirtilmeli]Kuruluşu
Hiyânet-i Vataniye Kanunu, 4 aydır yürürlükte olduğu halde Dr. Tevfik Rüştü Bey, asker kaçakları, bozguncu ve casusların ve çoğunlukla firarilerden kurulu çetelerin önlenebilmesi için İhtilal Mahkemelerinin kurulmasını önerdi. Refik Şevki Bey bu fikre destek verdi ancak isminin İstiklal Mahkemeleri olmasının daha uygun olacağını bildirdi.
2 Eylül 1920 tarihinde "Firar Ceraimini İrtikâp Edenler Hakkında Kanun Tasarısı" isimli yasa teklifi incelenmek üzere Milli Savunma encümenine verildi. Encümen bir karara varamadığı için Milli Savunma Bakanı Ferik Fevzi (Çakmak) meclise Şimdiki durum dolayısıyle ve görülen lüzum ve olağanüstü ihtiyaca dayanarak savaş zamanına ait olmak üzere firariler hakkındaki kanun önergesini meclise sundu.
TBMM'nin, 18 Eylül 1920 tarih ve 42 sayılı kararı ile kaçak erat ve casusların yargılanmasıyla görevli olmak üzere İstiklal Mahkemeleri kurulması kararına dayanmaktadır. Mahkeme üyeleri, Millet Meclisinden oluşmuştur. Savaş şartlarında bozgun, yağma ve casusluk gibi vatana ihanet niteliğinde kabul edilen suçları önleyebilmek ve acil hükümler verebilmek için Millet Meclisi tarafından özel kanunla ihdas edilmiştir.
