İttihat ve Terakki'nin Türkçü ve İslamcı siyasi görüşleri doğrultusunda, yurt içi ve yurt dışında, karşı-istihbarat, propaganda, örgütlenme, suikast eylemlerinde bulunmuştur.
Çeşitli tanık ifadelerine göre 1911'den itibaren etkin olmuş, 5 Ağustos 1914'te Harbiye Nezaretine bağlı resmi bir örgüte dönüştürülmüştür.
8 Ekim 1918'de İttihat ve Terakki hükümetinin iktidardan ayrılması ile birlikte Teşkilât-ı Mahsusa da resmen tasfiye edilmiştir.
Kurucusu Dara Eminzade'dir.
Teşkilât-ı Mahsusa'nın Trablusgarp'ta İtalyanlara, Batı Trakya'da Bulgar ve Yunanlılara, Mısır ve Irak'ta İngilizlere karşı direniş örgütleme çalışmaları kısmen belgelenmiştir.
Buna karşılık 1915 Ermeni Tehciri'nde Teşkilât-ı Mahsusa'nın oynadığı rol, sıklıkla dile getirildiği halde, ayrıntılarıyla ortaya konabilmiş değildir. Teşkilât-ı Mahsusa hakkında tek köklü araştırmanın yazarı olan Philipp Stoddard'a göre, Teşkilât-ı Mahsusa Ermeni tehcirinde hiçbir rol oynamamıştır.
Guenter Lewy Stoddard'la 2001 senesinde görüştüğünü ve Stoddard'ın hâlâ aynı görüşü savunduğunu bildiriyor.
I. Dünya Savaşı'ndan sonra Anadolu'da oluşturulan Kuva-yi Milliye ve Müdafaa-i Hukuk gruplarının önde gelen liderlerinin hemen hepsi Teşkilât-ı Mahsusa üyesi olduğu bilinen kişilerdir.
Buna rağmen Teşkilât-ı Mahsusa ile Milli Mücadele arasındaki örgütsel ilişki yeterince incelenmemiştir.
Teşkilatın kurucusu Enver Paşa'dır. Başında ise Hüsamettin (Ertürk) Bey bulunmaktaydı.
Teşkilât-ı Mahsusa'ya ilişkin tek akademik çalışma, Dr. Philip Stoddard'ın 1963 tarihli doktora tezidir.
Teşkilat ileri gelenlerinden Eşref Kuşçubaşı ve Hüsamettin Ertürk'ün anıları yayımlanmıştır. Rauf Orbay'ın anılarında da İran-Afganistan operasyonları hakkında bilgi bulunur.
Teşkilât-ı Mahsusa arşivi elde değildir; 1918'de İttihat ve Terakki liderlerinin yurt dışına gitmeden önce imha edildiği ileri sürülür.
Mütareke döneminde İstanbul'da yapılan Divan-ı Harb-i Örfi mahkemelerinde teşkilata ilişkin birçok iddia dile getirilmiş ve tanıklar dinlenmiştir. Divan-ı Harp tutanaklarının bir kısmı Taner Akçam tarafından yayımlanmıştır.
